3月28日上午，2004年度国家科学技术奖在京揭晓，"秦山600MWe
核电站设计与建造"项目荣获国家科学技术进步一等奖。
作为我国第一座自主设计、自主建造、自主管理、自主运营的商业
核电站，秦山核电二期工程取得了多项技术突破，如核岛的控制棒驱动机构达到850万步的国际先进水平，自主研制的核反应堆安全壳用RH20钢达到国际领先水平。秦山二期1号机组于2002年4月15日比计划提前47天投入商业运行，仅用了一年半时间，负荷因子达到81%，接近85%的世界平均水平。
该项目第一完成人、秦山二核总设计师叶奇蓁院士作为获奖者代表出席了当天在北京人民大会堂举行的2004年度国家科技奖励大会，接受了党和国家领导人颁发的奖状。当天上午，中央电视台新闻频道开通了"2004年度国家科技奖励特别报道"节目，叶奇蓁院士作为嘉宾应邀前往央视演播室接受了访谈。他以秦山二核为例，介绍了压水堆核电站的工作原理、核电的优势、我国核电的基本现状与发展等方面的情况。他在获奖后表示："这个奖项既是对秦山二期核电站设计与建造项目的肯定，同时也是对我国自主设计、建造、管理、运营核电站能力的肯定。这个荣誉，对我们是一个很大的鼓励，在此基础上，我们还要加把力，把自主设计的百万千瓦级核电站推出去，打响我们自己的核电品牌！"
此次共有244个项目获得国家科学技术进步奖，其中一等奖16项，二等奖228项。
